Die Lehren Luthers und Zwinglis sind ab 1522 im ganzen Appenzellerland ein Gesprächsthema— erste Anhänger waren dieverse theologische Laien und Pfarrer wie Johannes Dörig, Jakob Schurtanner, Walter Klarer, Matthias Kessler, Pelagius Amstein, Johannes Hess. Der Ansatz für den Beginn und Durchbruch des neuen Glaubens liegt in der Verbreitung von evangelischen Schriften und die Erklärung und Auslegung der Apostelgeschichte, die Vadian anfangs 1523 an die Hand nahm und befreundeten Geistlichen und Gesinnungsgenossen, darunter Jakob Schurtanner, vortrug. Der Wanderprediger Dr. Baltasahr Hubmaier predigte im Mai 1523 in Appenzell. Dies war entscheidend, dass im Oktober 1523 der Rat das aufgestellte und am 24. April 1524 von der Landsgemeinde bestätigte Prinzip der „Schriftgemässen Predigt“ angenommen wurde.
Um das konfliktträchtige Nebeneinander von altem und neuem Glauben innerhalb der Kirchhören zu beenden, entschied die ausserordentliche Landsgemeinde vom 7.August 1524, dass jede Kirchhöre in der Predigtauslegung sich für einen Glauben entscheiden, danach aber Freizügigkeit bestehen solle, damit sich die konfessionelle Minderheit in einer Kirchhöre ihres Bekenntnisses niederlassen könne („Kirchhöreprinzip“). Die äusseren Rhoden — ausser Herisau, wo Joseph Forrer, ein energischer Verfechter des alten Glaubens, die Reformation bis 1529 verhinderte — entschieden sich zusammen mit dem zu den inneren Rhoden gehörenden Gais für die neue Lehre. Die Bewohner der inneren Rhoden in der Kirchhöre Appenzell unter Pfarrer Diepolt Huter verblieben mehrheitlich beim alten Glauben, obwohl eine rührige reformierte Minderheit und Exponenten der äusseren Rhoden sowie Vertreter umliegender reformierten Gebiete mit Zürich in einer Beziehung lebten.
Das Wirken der Täufer erfasste das Appenzellerland im Sommer 1525 in grösserem Ausmass und wurde auch hier durch den Einfluss aus Zürich bald obrigkeitlich verfolgt.
1587 siedelten sich die Kapuziner, mit dem Geist des Trientiums beseelt, in Appenzell an und der gelebte Konfessionsfriede seit 1525 beendete sich. Im Mai 1588 verliessen die restlichen Evangelischen die Kirchhöri Appenzell und zogen grösstenteils nach Gais das damals noch zu Inneren Rhoden gehörte. Im Jahr 1597 war dann die Landteilung Appenzell in zwei Halbkantone – ins katholische Innerrhoden und ins reformierte Ausserhoden.
